Kształtowanie się aparatu administracyjno-policyjnego trwało od października 1939 r. do połowy 1940 r. Generalnie zakazano jakiejkolwiek działalności organizacji i stowarzyszeń. Nałożono na ludność obowiązek dotkliwych świadczeń materialnych. Gmina Szaflary, podobnie jak inne w powiecie, zobowiązana została do dostarczenia wyznaczonych ilości sztuk bydła, cieląt i świń. Kontyngentami objęto również owce. Niemcy, widząc duże korzyści dla siebie z rozwoju ich hodowli (mięso, skóra, wełna), dążyli do jej systematycznego zwiększania. Administracja niemiecka, poprzez Związek Hodowców Owiec w Krakowie oraz jego terenowy oddział w Nowym Targu, zorganizowała 19 kwietnia 1943 r. na terenach pasterskich wsi Szaflary pokaz owcy białej rasy górskiej. Na wystawie tej zgromadzono około 1000 sztuk białych owiec, odpornych na choroby, wydajnych produkcyjnie i o dobrej jakości wełny.
Kontyngent obejmował również deficytowe na tym terenie zboże oraz ziemniaki, co dotkliwie odczuwali mieszkańcy wsi.
Pod rządami okupacyjnymi wzmagała się eksterminacja miejscowej ludności. Pretekstem do aresztowań i rozstrzeliwań było m.in. podejrzenie o posiadanie broni. Jedna z pierwszych egzekucji miała miejsce 2 października 1939 r. w Klikuszowej. Zabito wtedy dwóch mieszkańców wsi: Stanisława Łukaszczyka i Józefa Waksmundzkiego, właśnie pod zarzutem posiadania broni.
Ludność miejscowa utworzyła organizację samopomocy w postaci Delegatury Polskiego Komitetu Opiekuńczego (VIII 1940r.). Nie była to jednak zupełnie konspiracyjna organizacja. Według informacji z 1 czerwca 1943 r., członkami jej kierownictwa byli: ks. Władysław Wójtowicz jako przewodniczący. Henryk Halszka i Edmund Pajerski. Wspierała ona pieniędzmi i żywnością potrzebujących.
Odrębnego omówienia wymaga akcja „Gorallenvolku”, zmierzająca do podzielenia przez okupanta miejscowej ludności na Polaków i „górali”. W każdej gminie działali agenci tej organizacji, dążąc do rozbicia od wewnątrz społeczności lokalnej. Mocno nagłaśniana propagandowo przez hitlerowców akcja ta nie przyniosła jednak spodziewanych skutków. Nasilenie wydawania „kennkart góralskich” przypadło na 1942 r. Jednakże tylko niewielki odsetek ludności złożył deklarację. W gminie Szaflary na 8.500 mieszkańców wydano ich zaledwie 167, w tym 91 osób stanowili przedstawiciele innych narodowości.
Chcąc ustrzec ludność przed szykanami i naciskami władz, wójt Wojciech Kamiński, przed wejściem w życie tego rozporządzenia, wydał pokaźną liczbę dowodów osobistych na przedwojennych blankietach.
Również uciążliwym elementem polityki okupanta była eksploatacja ekonomiczna. Administracja niemiecka nakładała na gminę limity osób przeznaczonych na przymusowe roboty do Niemiec. Na Podhalu stosowaniem represji zajmował się Urząd Pracy (Arbeitsamt) w Nowym Targu. Obok wysyłek ludzi do Rzeszy organizował takie na miejscu obozy pracy przymusowej. Nakazywał też ludności kopanie rowów przeciwczołgowych. W latach 1942-1944 Arbeitsamt wyznaczył w gminie do przymusowej pracy w Rzeszy 840 osób. Dzięki staraniom wójta, z wyznaczonej liczby wyjechało tylko 100 osób. Uzgodnił on bowiem z kierownictwem Arbeitsamtu, że ludzie zatrudnieni przy kopaniu rowów odwadniających nie będą wysyłani do Niemiec, a nawet otrzymają zapłatę i wyżywienie za wykonywaną pracę.
Przy pomocy kierownika Zarządu Wodnego w Nowym Targu, inż. Jana Kuklicza, kontynuowane były rozpoczęte jeszcze przed wojną prace melioracyjne pastwisk i łąk. Wójt uzyskał także u władz niemieckich zgodę na zebranie z lotniska w Nowym Targu znacznej ilości rur drenażowych (około 20 furmanek).
Roboty melioracyjne trwały przeszło dwa lata, tj. od 1941 do 1943 r. Łącznie zmeliorowano wtedy około 50 ha bagnistych łąk i pastwisk, zakładając na długości 8 km kryte rury.